Hvalaráðstefna er haldin árlega yfir sumartímann með það að markmiði að miðla upplýsingum um nýjustu rannsóknir á sjálvarspendýrum í Skjálfandaflóa og víðar. Dagskrá ráðstefnunnar gerir starfsfólki hvalaskoðunarfyrirtækja, leiðsögumönnum og öðrum sem áhuga kunna að hafa kleift að fræðast um nýjustu niðurstöðurnar. Umsjónarmaður ráðstefnunnar er Heiðar Halldórsson, verkefnisstjóri Hvalasafnsins.
Hér má finna dagskrár Hvalaráðstefnunnar síðustu ár: