Hvalaráðstefna Hvalasafnsins er haldin árlega yfir sumartímann með það að markmiði að miðla upplýsingum um nýjustu rannsóknir á hvölum og öðrum sjávarspendýrum í Skjálfandaflóa og víðar. Ráðstefnan er mikilvægur vettvangur fyrir vísindamenn, starfsfólk hvalaskoðunarfyrirtækja, leiðsögumenn og alla sem hafa áhuga á hafinu og lífríki þess.
Dagskrá ráðstefnunnar felur í sér fjölbreytt erindi frá innlendum og erlendum sérfræðingum, sem fjalla um allt frá atferli og vistfræði hvala til áhrifa loftslagsbreytinga og mannlegra athafna á hafsvæðið. Með því að miðla nýjustu niðurstöðum rannsókna stuðlar ráðstefnan að aukinni vitund og fræðslu um mikilvægi verndunar sjávarlífsins.
Umsjónarmaður ráðstefnunnar er Heiðar Halldórsson, verkefnisstjóri Hvalasafnsins, sem hefur leitt skipulagningu hennar undanfarin ár. Ráðstefnan hefur fest sig í sessi sem mikilvægur viðburður í fræðslu og tengslamyndun milli vísindasamfélagsins og þeirra sem starfa við hvalaskoðun og tengda ferðaþjónustu.